Деление на приведенные ниже этапы развития Института произведено на основе зависимости характера научно-практической деятельности от меняющихся условий окружающего мира и государств – участников МНИИПУ.
I-й этап (1976–1990 годы) отличается междисциплинарной направленностью деятельности и формированием динамичного интернационального сообщества ученых и специалистов по проблемам управления, информационных технологий, механизмов рыночных преобразований с использованием передового зарубежного опыта. Были составлены планы многосторонних научных исследований, созданы международные научные коллективы, филиалы в странах – участницах МНИИПУ.
Результаты научной деятельности за 1981–1985 годы были одобрены на XIV заседании Совета МНИИПУ. За эти годы институтом было выполнено 82 научно-исследовательские работы, подготовлено 24 информационно-аналитических обзора, опубликовано 102 монографии. Разработан ряд методологических документов, моделей, человеко-машинных систем и программ, предназначенных для решения сложных организационно-экономических задач. Выполнены важные работы в области совершенствования управления для международных и национальных органов.
В этот период (1976–1990 годы) МНИИПУ решал научно-практические задачи по ускоренному переводу экономики на интенсивный путь развития, повышению производительности предприятий, внедрению новейших научно-технических достижений.
Знаменательным событием, которое изменило курс и тенденции развития Института, стало экономическое совещание стран – членов СЭВ на высшем уровне. В качестве одной из важнейших задач в области экономики и взаимного сотрудничества оно назвало «ускоренный перевод экономики на интенсивный путь, повышение ее эффективности за счет совершенствования структуры общественного производства, рационального и экономного использования существующих материальных и трудовых ресурсов, лучшего использования основных фондов и научно-технического потенциала». Эта задача явилась главным ориентиром при формировании и реализации плана научных исследований МНИИПУ в этот период.
II-й этап развития МНИИПУ (1990–2000 годы) характеризуется сменой курса деятельности. Политические и социально-экономические преобразования в странах Института в конце 80-х годов предъявили новые требования к деятельности МНИИПУ. Возникли новые интересы и потребности этих стран и их организаций. Поэтому в 1990 году Институт сделал акцент на поиске новых направлений и форм деятельности.

Приоритетными направлениями научных исследований стали:

• Превращение Института в региональный международный центр, способствующий эффективному сотрудничеству стран Востока и Запада;
• Социально-экономические условия коренной перестройки хозяйственной и управленческой систем, переход к новым механизмам управления;
• Стратегическое планирование и управление социально-экономическим и научно-техническим развитием стран;
• Исследование роли и места человека в управлении;
• Повышение эффективности систем управления на базе математических методов и средств вычислительной техники.

Широкое использование методов и средств информационных технологий стало особенностью большинства проектов Института. В некоторых областях применения информационных технологий его коллектив выступал как первопроходец. Несмотря на трудности переходного периода, МНИИПУ продолжал успешно работать.

Работы в области информационных технологий в 90-е годы осуществлялись в рамках трех направлений:

• Разработка фундаментальных теоретических основ информатики;
• Создание перспективных вычислительных средств в целях повышения эффективности применения ИТ;
• Разработка информационных технологий для решения конкретных прикладных задач.

На рубеже XX-XXI веков в Институте был проведен цикл теоретических и практических работ, которые можно рассматривать в качестве первого этапа создания бимолекулярного компьютера.
В рамках III-го этапа (2000–2007 годы) было создано значительное число моделей, на основе которых были решены многие задачи управления и выбора параметров исследуемых объектов. Институтом был разработан ряд макроэкономических моделей для исследования процессов народнохозяйственного развития. Большое практическое значение имели работы Института по созданию информационных технологий прогноза и оценки природных ресурсов. Было разработано несколько версий подобных информационных систем. 
К началу 2000-х годов в деятельности МНИИПУ произошли серьезные изменения, вызванные стремлением адекватно реагировать на перемены в социально-экономическом положении государств – участников Института, связанные с быстро развивающимися процессами глобализации, интенсификации экономических и научно-технических связей между Западом и Востоком. Возросла потребность выполнения странами – участниками МНИИПУ широкомасштабных проектов, связанных с внедрением информационных технологий в процессы управления.
На IV-м этапе (2007–2016 годы) были проведены научные исследования по анализу развития и результатов экономических реформ России 1991-2006 годы.  Приоритетным исследованием стало совершенствование проблем управления предприятиями топливно-энергетического комплекса. Новые шаги были сделаны в изучении передового опыта развитых стран в организации и управлении экономикой. Большой объем работы был выполнен в рамках проектов, в которых исследуется эволюция управления в XXI веке на государственном, муниципальном и корпоративном уровнях.
Серьезные изменения характера исследований позволили МНИИПУ достичь нескольких целей, диктуемых требованиями времени. Во-первых, все работы осуществлялись в расчете на конкретного потребителя, что обеспечило Институту прочную финансово-материальную базу. Во-вторых, Институт активно использовал те широкие возможности, которые заложены в современном IT-аутсорсинге. И, в-третьих, ему удалось сохранить и развить прорыв на западноевропейский рынок информационных технологий, установив прочную долговременную основу сотрудничества с EADS.
Результаты работ, полученные в рамках сотрудничества Института с зарубежными партнерами, продемонстрировали высокий научный потенциал МНИИПУ и его последние достижения в наукоемких областях знаний, а также опыт выполнения мультидисциплинарных исследований различной направленности.